提摩太前书与后书虽然都是写给提摩太的，但因时间与环境完全不同，所以两书的内容有很大的差别，研究两书的不同，也是一件值得注意的事：
| 提摩太前书 |
提摩太后书 |
| 一、保罗从狱中获释，继续传道 |
一、保罗两度入狱，传道之门已闭 |
| 二、保罗纵横罗马帝国，开拓新的传道工场 |
二、工作结束，同工们分头在各处传道 |
| 三、圣工兴旺，毫无拦阻 |
三、圣工衰落，困难重重 |
| 四、环境顺利，保罗教导提摩太如何建立教会 |
四、环境不如前，保罗教导提摩太忠心坚守岗位 |
| 五、着重长老与执事的选立 |
五、着重传道人及后继者的栽培 |
| 六、传道人应运用权柄 |
六、传道人应温和待众人 |
| 七、充满喜乐，高举基督 |
七、逼迫开始，充满忧愁 |
| 八、预言教会将有败坏之事 |
八、教会的败坏，亦已开始 |
| 九、注重教会有真理的柱石和根基 |
九、注重神家的各种器皿 |
| 十、似乎人人拥护保罗，团契非常火热 |
十、人人都离开保罗，自觉凄凉 |
| 十一、是一道继续前进的号令 |
十一、是一封死别的遗书 |
| 十二、不提及任何同工，只提及两个不良的信徒 |
十二、提及廿四人 |
本书也有很特殊之处，即：
①透露提摩太的外祖母和母亲的名字(一章5节)。
②提及传道人底马的堕落(四章10节)。
③愿意马可来服事他(四章ll节)。保罗曾一度不喜欢马可，而且因他引起与巴拿巴之间的意见之争(徒十五章38一39节)，但年老时赏识马可的优点。
④引用犹太人口传的旧约故事，提及雅尼与佯庇敌挡摩西的事(三章8节)。
⑤为“圣经”(旧约)定下一个“教义上”的定义(三章16一17节)。